Passend zum Thema auch dieser Blogeintrag:
http://blogs.biomedcentral.com/on-biology/2018/07/05/efficient-unpredictable-crispr/Auch bei CRISPR-Cas gibt es unvorhersehbare Effekte, die einer Nachkontrolle bedürfen. Dazu auch diese Studien, über die man in den diversen Pressemitteilungen leider nicht so viel zu hören bzw. lesen bekommt:
https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0530-7https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202316302705?via%3Dihubhttps://www.nature.com/articles/srep43331.epdf?referrer_access_token=l1AvWBK8b7oBUiQ6jCjKJtRgN0jAjWel9jnR3ZoTv0ONsB_PoCcRaLgv1u_twVvNNlgUtS2KHtxJdeuFLz5tg699jBRJeUFYSJUq0GDCNma-IiPyLMC68K-jqznypoHKmNNNXBhsB6IjxnxpJBw2Dx2aXAQzgAgGqJCXQE53x1vQtEGBgMkldCueRH8pUt8C&tracking_referrer=blogs.biomedcentral.comhttps://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0529-0Der aufschlussreiche Abschnitt im Blogeintrag lautet wie folgt:
We also describe the unpredictability of the outcome of using long single-stranded donors. We illustrate that, alongside sequence-perfect, on-target integrations, the system can also produce an array of incorrect alleles. These include unintended point mutations, small or larger sequence rearrangements, some of them likely based on local micro-homology, and additional donor integrations.
These events are unpredictable by-products that must be excluded in the process of the validation of newly established mutant lines. Importantly, these unwanted events are much more frequent than the much-publicised potential off-target effects of CRISPR/Cas9 reagents.
Whilst our recent study focuses on the use of long single-stranded donors, we and others have previously shown unpredictable events arising from the use of CRISPR/Cas9 reagents alone or in combination with oligonucleotides. As such, an increasing body of evidence is being compiled to indicate that model validation is the newest challenge for the genome editing community. After all, the quality and reproducibility of research based on genome editing mutants depends entirely on the thorough characterization of the mutant in question.
Übersetzung:
"Wir beschreiben auch die Unvorhersagbarkeit des Ergebnisses der Verwendung von langen einzelsträngigen Donoren. Wir zeigen, dass das System neben sequenziellen, perfekten Integrationen auch ein Array von falschen Allelen erzeugen kann. Dazu gehören unbeabsichtigte Punktmutationen, kleine oder größere Sequenzumlagerungen, von denen einige wahrscheinlich auf lokaler Mikrohomologie beruhen, und zusätzliche Donorintegrationen.
Diese Ereignisse sind nicht vorhersehbare Nebenprodukte, die bei der Validierung neu etablierter Mutantenlinien ausgeschlossen werden müssen.
Wichtig ist, dass diese unerwünschten Ereignisse viel häufiger auftreten als die viel publizierten potenziellen Off-Target-Effekte von CRISPR / Cas9-Reagenzien.Während unsere jüngste Studie sich auf die Verwendung von langen einzelsträngigen Donoren konzentriert, haben wir und andere zuvor unvorhersehbare Ereignisse gezeigt, die aus der Verwendung von CRISPR / Cas9-Reagenzien allein oder in Kombination mit Oligonukleotiden resultieren.
Daher wird eine zunehmende Menge an Beweisen zusammengestellt, um darauf hinzuweisen, dass die Modellvalidierung die neueste Herausforderung für die Genomredaktionsgemeinschaft darstellt. Schließlich hängt die Qualität und Reproduzierbarkeit der Forschung, die auf Genom-Editing-Mutanten basiert, vollständig von der gründlichen Charakterisierung der fraglichen Mutante ab."
Kurz: Auch hierbei muss man sehr genau nachprüfen, um unbeabsichtigte Folgewirkungen möglichst auszuschließen.
