Bigfoot

http://www.laborundmore.de/archive/752768/Was-steckt-drin%3F-%E2%80%93-moderne-DNA-Analytik-zur-Speziesbestimmung.html

P.S. hier steht dass sogar hochgradig fragmentierte DNA mit bekannten Verfahren noch die eindeutige Zuordnung zu einer bekannten Spezies erlauben.

@Dennis75
Mit Proteinen aus den Zellen, oder DNA, die sich durch schlechte Lagerung (wie sie im Wald ja typisch sein sollte) zersetzt hat. Dadurch wird die Sequenzierung erschwert und man erhält falsche Basen.

@Pan_narrans

Aha. Mit anderen Worten: Wenn eine Probe nicht mehr gut genug erhalten sondern zu stark verwest oder zu sehr mit Proteinen verunreinigt ist kann man nicht mal mehr sagen OB es überhaupt ein Mensch (oder sonstwas) ist?

@Dennis75
Wenn es zu stark ist, dann wirklich nicht. Ansonsten ist es halt mehr Arbeit.

@Pan_narrans

Gut. Zumindest die Proben die Frau Ketchum scheinbar als besonders aussagekräftig einstuft stammen ja von Augenzeugensichtungen (wie sie sagt), so dass sie noch ziemlich frisch sein sollten. Um ihre Behauptung also wirklich zu glauben braucht man demnach folgendes:

Am besten die Analyseergebnisse sämtlicher mehr als hundert Proben oder zumindest die der besterhaltenen Proben;
Sämtliche Kreuzgutachten von denen sie ja behauptet dass sie sie hätte und die sich zugleich auf die Proben beziehen dürften die Frau Ketchum für besonders aussagekräftig hält;
die Adressen aller beteiligten Labore damit man dort anrufen und fragen kann ob sie diese Gutachten wirklich erstellt haben und wie weit sie dazu die Proben sogar selbst referenzweise analysiert hätten.

Wie viele Wissenschaftler sollten denn in ihren Kreuzgutachten bestätigen dass sie Frau Ketchums Interpretation der Analyse teilen, und welchen allgemeinen Status an Glaubwürdigkeit sollten denn diese Wissenschaftler haben damit man ihre Arbeit als vertrauenswürdig einstufen müsste?

@Pan_narrans

Pan_narrans schrieb:Ansonsten ist es halt mehr Arbeit.

P.S. aber wenn die Probe überhaupt analysierbar ist, egal mit wieviel Aufwand, dann ist das Ergebnis auch zuverlässig im Hinblick auf die Zugehörigkeit zur Spezies? Oder sogar auf die Zugehörigkeit zu einer hybriden Mixtur verschiedener Spezien?

@Dennis75

Dennis75 schrieb:P.S. aber wenn die Probe überhaupt analysierbar ist, egal mit wieviel Aufwand, dann ist das Ergebnis auch zuverlässig im Hinblick auf die Zugehörigkeit zur Spezies? Oder sogar auf die Zugehörigkeit zu einer hybriden Mixtur verschiedener Spezien?

Kann man nicht so generell sagen. Je "dreckiger" die Sequenz ist, desto größe sind natürlich die möglichen Fehler.

Dennis75 schrieb:Am besten die Analyseergebnisse sämtlicher mehr als hundert Proben oder zumindest die der besterhaltenen Proben;
Sämtliche Kreuzgutachten von denen sie ja behauptet dass sie sie hätte und die sich zugleich auf die Proben beziehen dürften die Frau Ketchum für besonders aussagekräftig hält;
die Adressen aller beteiligten Labore damit man dort anrufen und fragen kann ob sie diese Gutachten wirklich erstellt haben und wie weit sie dazu die Proben sogar selbst referenzweise analysiert hätten.

Ja, das wäre hilfreich.

Dennis75 schrieb:Wie viele Wissenschaftler sollten denn in ihren Kreuzgutachten bestätigen dass sie Frau Ketchums Interpretation der Analyse teilen, und welchen allgemeinen Status an Glaubwürdigkeit sollten denn diese Wissenschaftler haben damit man ihre Arbeit als vertrauenswürdig einstufen müsste?

Zwei würden mir genügen. Nur sollten diese unabhängig sein und nicht von Frau Ketchum beauftragt.

Zum Sample 26 auf ihrer Homepage:
Die Sequenz per Hand nach Open Reading Frames abzusuchen und diese dann zu blasten, ist eine erfolgreichere Herangehensweise. Ein Open Reading Frame mit einer Länge von 123 Basen gefunden:

ATGCTCCTGGCAGAGAACTGCTCCCCAGGGCCCCGCTACAGCGTGAACCCCAAGAT
ACTGAGGACTGGCAAGGACCTCGGCCCCGCCTACTCCATCCTGGAGCCTTTGTCTCACCA
GCCCTGA

Als bester Match wird mir dazu ein ein Gen der Hauskatze angezeigt. Erweitere ich die Sequenz aber auf

ATGCTCCTGGCAGAGAACTGCTCCCCAGGGCCCCGCTACAGCGTGAACCCCAAGAT
ACTGAGGACTGGCAAGGACCTCGGCCCCGCCTACTCCATCCTGGAGCCTTTGTCTCACCA
GCCCTGAAGTCAGCATTTCCATCCTGGACACCCCCTGACCCGACTTGGTCACCACCTGTG
TTGGAGCCCAGAGGCCCCACGCCTAG

wie ichdas zuerst versehentlich gemacht haben, so haben wir eine super Übereinstimmung mit einer Probe von Homo sapiens. Diese weicht nur an sechs Stellen vom Sample 26 ab und von diesen sechs Stellen gehören zwei zur selben Aminosäure und die restlichen vier sind stumme Mutationen. In der nicht-stummen Mutation wird Serin durch Asparagin ausgetauscht. Beides polare, neutrale Aminosäuren. Ich würde von daher auch einfach auf Homo sapiens als Quelle des Samples tippen.

@Pan_narrans

Pan_narrans schrieb:Zwei würden mir genügen. Nur sollten diese unabhängig sein und nicht von Frau Ketchum beauftragt.

Nun bringst du mich ins Grübeln. Zuerst hieß es: Wenn jemand von wissenschaftlichen Fachzeitschriften ernst genommen und publiziert werden will dann muss er peer reviews bringen, das sei quasi die Bringschuld des Autors weil die Zeitungen es ja nicht nötig haben.

Dann aber sollen die Gutachter gerade NICHT vom Autor beauftragt werden, wegen dem generellen Pauschalverdacht von Gefälligkeitsgutachten (was mir jetzt nicht so einleuchtet, aber bitte...) sondern die Fachzeitschriften müssen das in die Wege leiten.

Aber dazu sind sie doch von Rechts wegen nicht verpflichtet - wie sie, kurz gesagt, überhaupt nicht verpflichtet sind irgendwas zu veröffentlichen und wenn´s noch so sehr stimmt.

Also stelle ich mir mal vor, Frau Ketchum hätte folgendes erlebt: Sie glaubt sie hätte den Beweis für Bigfoot in den Händen - und natürlich schreibt sie, sagen wir mal, Nature eine Mail. Die landet zunächst beim Redakteur. Mal angenommen der Redakteur liest den Artikel genau bis zur Überschrift, lacht schallend und die Mail landet im Spam-Ordner. Oder, wenn er neu in dem Job ist, geht er sicherheitshalber erstmal zum Chefredakteur.

Mal angenommen der Chefredakteur antwortet: "Sind Sie verrückt? Diese... wie heißt die... Ketchup hat als den Bigfoot bewiesen. Hat sie ihn gefangen oder so? Ach nein, er ist weggelaufen und sie hat ein paar Schwanzhaare erwischt. Aber DIE beweisen eindeutig dass es Bigfoot gibt. Wenn wir sowas schreiben können wir den Laden nächste Woche schließen, und Sie schreiben nicht mal mehr für die MOPO, klar? Lassen Sie mich in Zukunft mit so einem Mist in Ruhe!"

Wenn der Redakteur wirklich noch GANZ neu ist, dann erwiedert er vielleicht: "Aber Chef, im Sinne einer objektiven seriösen Berichterstattung sollten wir doch erstmal ein Kreuzgutachten bei einer renomierten Uni in Auftrag geben, sonst stimmt es nachher doch und wir lassen uns da einen Riesenknüller entgehen." Und plötzlich sagt der Chefredakteur: "Na gut, Sie haben Recht, ich ruf mal einen berühmten und für seine absolute Neutralität bekannten Gutachter an, und wenn der sagt es stimmt dann drucken wir den Artikel"? Ja sicher!

WENN es denn so wäre - obwohl ja die Mitarbeiter in wissenschaftlichen Fachzeitschriften sicher niemals so voreingenommen wären - was soll Frau Ketchum deiner Meinung nach tun, außer sich einen neuen Job zu suchen?

@Dennis75

Dennis75 schrieb:Nun bringst du mich ins Grübeln. Zuerst hieß es: Wenn jemand von wissenschaftlichen Fachzeitschriften ernst genommen und publiziert werden will dann muss er peer reviews bringen, das sei quasi die Bringschuld des Autors weil die Zeitungen es ja nicht nötig haben.

Dann aber sollen die Gutachter gerade NICHT vom Autor beauftragt werden, wegen dem generellen Pauschalverdacht von Gefälligkeitsgutachten (was mir jetzt nicht so einleuchtet, aber bitte...) sondern die Fachzeitschriften müssen das in die Wege leiten.

Da scheinst Du etwas falsch verstanden zu haben. Die Autoren müssen sich dem peer review stellen. Durchführen tun das aber die Zeitschriften.

Also stelle ich mir mal vor, Frau Ketchum hätte folgendes erlebt: Sie glaubt sie hätte den Beweis für Bigfoot in den Händen - und natürlich schreibt sie, sagen wir mal, Nature eine Mail. Die landet zunächst beim Redakteur. Mal angenommen der Redakteur liest den Artikel genau bis zur Überschrift, lacht schallend und die Mail landet im Spam-Ordner. Oder, wenn er neu in dem Job ist, geht er sicherheitshalber erstmal zum Chefredakteur.

Mal angenommen der Chefredakteur antwortet: "Sind Sie verrückt? Diese... wie heißt die... Ketchup hat als den Bigfoot bewiesen. Hat sie ihn gefangen oder so? Ach nein, er ist weggelaufen und sie hat ein paar Schwanzhaare erwischt. Aber DIE beweisen eindeutig dass es Bigfoot gibt. Wenn wir sowas schreiben können wir den Laden nächste Woche schließen, und Sie schreiben nicht mal mehr für die MOPO, klar? Lassen Sie mich in Zukunft mit so einem Mist in Ruhe!"

Wenn der Redakteur wirklich noch GANZ neu ist, dann erwiedert er vielleicht: "Aber Chef, im Sinne einer objektiven seriösen Berichterstattung sollten wir doch erstmal ein Kreuzgutachten bei einer renomierten Uni in Auftrag geben, sonst stimmt es nachher doch und wir lassen uns da einen Riesenknüller entgehen." Und plötzlich sagt der Chefredakteur: "Na gut, Sie haben Recht, ich ruf mal einen berühmten und für seine absolute Neutralität bekannten Gutachter an, und wenn der sagt es stimmt dann drucken wir den Artikel"? Ja sicher!

WENN es denn so wäre - obwohl ja die Mitarbeiter in wissenschaftlichen Fachzeitschriften sicher niemals so voreingenommen wären - was soll Frau Ketchum deiner Meinung nach tun, außer sich einen neuen Job zu suchen?

Nette Geschichte. Aber bei sensationellen Artikeln scheinen mir die Zeitschriften eher ungewöhnlich unkritisch zu sein. Als Beispiel kann man dieses Paper nennen, in dem behauptet wurde, dass bestimmte Bakterien Arsen anstatt Phosphor in ihre DNA einbauen könnten.

@Pan_narrans

Pan_narrans schrieb:Da scheinst Du etwas falsch verstanden zu haben. Die Autoren müssen sich dem peer review stellen. Durchführen tun das aber die Zeitschriften.

Ich denke nicht. Aber es mag ja mehrere Möglichkeiten geben, und für unser Beispiel bin ich ja sogar mit deiner Vorgehensweise einverstanden.

Pan_narrans schrieb:Nette Geschichte. Aber bei sensationellen Artikeln scheinen mir die Zeitschriften eher ungewöhnlich unkritisch zu sein. Als Beispiel kann man dieses Paper nennen, in dem behauptet wurde, dass bestimmte Bakterien Arsen anstatt Phosphor in ihre DNA einbauen könnten.

Aber jetzt weiß ich ja immer noch nicht was Frau Ketchum (in unserem Beispiel) tun müsste wenn man sich weigert ihre Arbeit zu überprüfen.

@Dennis75

Text Ich denke nicht. Aber es mag ja mehrere Möglichkeiten geben, und für unser Beispiel bin ich ja sogar mit deiner Vorgehensweise einverstanden.

Das ist nicht meine, sondern die übliche Vorgehensweise. Mir fällt auf Anhieb auch keine größere Zeitschrift ein, wo das anders gehandhabt wird.

Das sich Zeitschriften generell ablehnen sich damit zu befassen, bezweifle ich auch. Mit dem Journal od Cryptozoology gibt es sogar ein peer review Magazin, wo das wunderbar hinein passen würde:

http://www.journalofcryptozoology.com/ (Archiv-Version vom 20.12.2014)

@Pan_narrans

Dein Zweifel in allen Ehren. Es wäre auch absolut unerhört und für einen seriösen Berichterstatter völlig unangemessen wenn er sich von persönlichen Vorurteilen leiten lässt, zum Beispiel aus Angst vor dem Verlust von Stammkunden. Aber wie soll sie sich denn in meinem Beispiel nun verhalten?

@Dennis75

Dennis75 schrieb:Dein Zweifel in allen Ehren. Es wäre auch absolut unerhört und für einen seriösen Berichterstatter völlig unangemessen wenn er sich von persönlichen Vorurteilen leiten lässt, zum Beispiel aus Angst vor dem Verlust von Stammkunden.

Was hat denn das mit der Sache jetzt zu tun?

Dennis75 schrieb: Aber wie soll sie sich denn in meinem Beispiel nun verhalten?

Nicht rumjammern, dass kein Journal das annehmen würde, sondern es einfach mal probieren. Wieso sollte das Journal of Cryptozoology den Artikel gar nicht erst dem peer review stellen?

@Pan_narrans

Pan_narrans schrieb:Was hat denn das mit der Sache jetzt zu tun?

Ist ja egal. Ich spekulierte nur dass es, WENN die Fachpresse sich weigert Ketchums Arbeit wie jede andere den üblichen Prüfungen zu unterziehen, Gründe geben müsste. Aber das lenkt jetzt nur von der Frage ab wenn wir das weiter vertiefen.

Pan_narrans schrieb:Nicht rumjammern, dass kein Journal das annehmen würde, sondern es einfach mal probieren.

Äh, ja. Ich meinte die Frage aber so: Was soll sie tun wenn die Fachpresse sich seit knapp zwei Jahren weigern würde ihre Arbeit wie jede den üblichen Prüfverfahren zu unterziehen und dann ggf. darüber zu berichten? Nur mal angenommen es wäre so, meine ich? (Das würde natürlich die Annahme einschließen dass sie es seit knapp zwei Jahren erfolglos versucht.)

@Dennis75
Die Nazis in der Hohlerde bitten. Solche "was wäre wenn"-Spielchen sind müßig.

@Pan_narrans

Jetzt verstehst du schon etwas besser. Du sagst: Die Idee zu überprüfen dass ein Redakteur sagt "Solche Ideen zu überprüfen dass es Bigfoot gibt sind Blödsinn, und mit Blödsinn vergeuden wir unsere Zeit nicht" sei Blödsinn, und mit Blödsinn vergeudest du deine Zeit nicht.

Und wenn ein wissenschaftlich denkender Mensch wie du von solchen Reflexen nicht frei ist genügt mir das als Beweis dass auch Redakteuren solche Fehler passieren. Ich komme also zu dem Schluss:

Wenn sie Recht hat und die Fachpresse sich weigert ihre Arbeit wie jede andere zu bewerten, und zudem das Pech hat dass ihr das niemand glaubt weil sich die Fachpresse nie so verhalten würde, muss sie sich wohl in Eigenregie um Kreuzgutachten bemühen mit dem Ergebnis dass man ihr die nicht abnimmt weil ja die Wissenschaftler die sie beauftragt eh befangen sind; und die Behauptung es wären Blindgutachten (dass also die Gutachter gar nicht wussten wessen Arbeit sie da bewerten) muss wohl gelogen sein.

Vielen Dank für deine Auskunft :)

@Dennis75
Ich sehe, dass es Dir vorrangig darum geht, an Bigfoot zu glauben und weniger um eine sachliche Auseinandersetzung. Von daher ist es besser, wenn ich mich aus der Diskussion zurück ziehe, bevor ich wegen trollen der Mysterysparte sanktioniert werde.

@Pan_narrans

Keineswegs - ich habe noch nie jemanden als Troll bezeichnet. Ist nicht mein Stil. Ich habe mir ein gedankliches Experiment gestattet um dahinter zu kommen ob Menschen sich tatsächlich so verhalten wie Frau Ketchum behauptet, und jetzt sehe ich dass es sich tatsächlich so verhält.

Ich glaube ohnehin an die Existenz von BF, nachdem ich gesehen habe dass ihre Studie mehrere (in Eigenregie) veranlasste Kreuzgutachten vorweisen kann. Was mich restlos überzeugt ist die Tatsache dass niemand der ihr widerspricht bereit war nach den üblichen wissenschaftlichen Standards (wie man sie von ihr verlangt) ein Gegengutachten vorzulegen. Das ist ein absolut eindeutiges Zeichen von Voreingenommenheit.

Das Argument dass jeder sowieso unter Pauschalverdacht steht weil er von ihr beauftragt wurde (wie die Uni Dallas) gilt halt für mich nicht, und damit sind für mich alle Kriterien der Glaubwürdigkeit erfüllt.

@Pan_narrans

Übrigens sehe ich es als normal und menschlich an wenn jemand sich bewusst oder unbewusst von Vorurteilen leiten lässt. Alles was ich sagte war also nicht als Vorwurf gegen dich gemeint.

Aber es ist ein Zeichen von geistiger Größe die einen Menschen adelt wenn er sich dessen bewusst wird und sich von seinen Vorurteilen nicht im analytischen Denken beeinflussen lässt. Zugegeben, es ist nicht ganz einfach den Gedanken zuzulassen.

@Dennis75
Als letzten Beitrag von mir hier:
Ist es nicht gerade ein Vorurteil, wenn man gar nicht erst versucht einen Artikel einzureichen, weil die bösen Journale den ja eh ablehnen werden?