@NilaniDas ist eine gute Darstellung, nur geht sie davon aus, das sich die Aliens auch tatsächlich so verhalten, wie du es annimmst...
Ich würde eher davon ausgehen, das die Aliens als erstes einen getarnten Satelliten in unser Sonnensystem entsenden. Die Antriebseinheit des Satelliten wird bei Erreichen unseres Systems abgekoppelt und dann läßt man sie in einen Gasriesen stürzen, wo sie auf immer vor uns verborgen bleiben wird. Die Sonde selbst wäre mit einigen narrensicheren Selbstzerstörungs-mechanismen ausgestattet, um ein Einfangen zu verhindern, sollten wir sie trotz der Tarnung orten. Nachdem sie ihre Aufgabe beendet hat, aktiviert sie ihre Steuerdüsen und fliegt solange in Richtung Sonne, bis sie verglüht. Das ist Phase eins...
Später könnte dann ein kleines Forschungsschiff folgen, das ebenfalls bestrebt ist, sich vor uns zu verbergen. Sie würden keine Basis auf dem Mond bauen, ihr Schiff wäre ihre Basis. Sollten sie tatsächlich während der Dauer ihrer Mission so verwegen sein, auf der Erde zu landen, so würden sie dafür kleinere Schiffe verwenden und relativ menschenleere Gegenden "heimsuchen". Wenn sie mit ihren Untersuchungen fertig sind, werden sie wahrscheinlich "einfach" zum nächsten System weiterfliegen, sofern es nicht in Richtung Heimat geht. Das ist Phase zwei.
Eine Kontermination mit fremden Lebensformen wird nicht erfolgen. Dazu werden sich ihre und unsere Gene zu sehr voneinander unterscheiden. Eine Spezies, die auf der Erde überleben will, müsste sich in kürzester Zeit an eine Umgebung anpassen, in der schon lange jede Menge irdischer Lebensformen existieren, die alle "Zeit der Welt" hatten, sich optimal anzupassen. Sie würden also weder als genetischer Fremdkörper bis in unsere heutige Zeit hinein auf der Erde existieren, noch sich in bestehende Genstrukturen etablieren. Wahrscheinlich würden sie einfach irgendwann absterben. Außerdem werden die Aliens schon aus purem Eigennutz aufpassen, nicht irgendwelche Krankheitserreger mit sich herumzuschleppen, sie wären dagegen sicher geimpft. Ansonsten könnten sie natürlich auch einfach aufpassen uns nichts "genetisches" zu hinterlassen. Ebenso ist es mit außerirdischen Gegenständen. Ich glaube, man kann Aliens durchaus zutrauen, das sie ihre "Koffer" wieder ordentlich einpacken, wenn sie sich von der Erde verabschieden.
Mit den Hochkulturen hast du schon recht. Die Menschen können sich auch ganz alleine ihre Mythen und Legenden erschaffen, einfach indem sich aufeinander aufbauende Geschichten immer weiter entwickeln, die dann irgendwann als Erklärung für alles herhalten, was sie in dieser Welt noch nicht verstehen. Andererseits existiert schon die Möglichkeit einer außerirdschen "Inspiration".
Nur mal als kleiner Gegenentwurf...