Dass die nächsten lebenden Verwandten der Krokodile die Vögel (Archosaurierhypothese) sind, gilt meines Wissens mittlerweile als ziemlich sicher. Und ja, wenn das für irgendeinen Vogel gilt, gilt es für alle Vögel. Vögel sind mit nahezu hundertprozentiger Sicherheit monophyletisch, was bedeutet, dass alle Vögel Nachfahren einer "Urvogelart" sind und es keine Vogelart gibt, deren nächster Verwandter etwas anderes als eine andere Vogelart ist.
Wenn man also herausfindet, dass ein bestimmter Vogel näher mit Krokodilen als mit beispielsweise Fischen verwandt ist, kann man davon ausgehen, dass das auch für alle anderen Vögel gilt (obwohl es natürlich immer gut ist das mit möglichst vielen Arten zu testen, um sicherer zu sein).
Einen 100%igen Beweis für beides wird man nicht finden, aber es gibt sehr viele Indizienbeweise die für ein relativ nahes Verwandtschaftsverhälltnis zwischen Vögeln und Krokodilen sprechen. Das sind einmal molekulare Daten (wie DNA und RNA), aber auch morphologische (also sichtbare Strukturen). Beispielsweise haben sowohl Vögel als auch Krokodile eine durchgehende Herzscheidewand (Säugetiere haben die allerdings auch, bei anderen "Reptilien" ist sie nicht durchgehend) und nur 4 Zehen (andere "Reptilien" haben 5).
Wenn man jetzt aber auch noch die Vermutung aufstellen möchte, dass Vögel nicht mit anderen Tetrapoden (Landwirbeltiere), sondern näher mit Barschartigen oder so verwandt sind, ist man in der Pflicht diese Hypothese auch zu begründen.
Warum man vermutet, dass Vögel von Dinosauriern abstammen, hat eigentlich schon Affenjunge sehr schön dargelegt (nochmal Hut ab für den Aufwand und das Wissen, die dahinterstehen).
Was die "Thecodontier" angeht, so sind sie auch "Reptilien", aber diese Gruppe ist sowieso überholt, da sie wohl nicht monophyletisch sind (siehe oben, es gab "Thecodontier", die vermutlich näher mit den heutigen Vögeln oder Krokodilen als mit anderen "Thecodontiern" verwandt sind).
@interrobang Was die Raben- und Nebelkrähen angeht, so finde ich, ist das ein sehr interessantes Beispiel. Eine neue Vogelart entsteht sozusagen direkt vor der Haustür. Östlich der Elbe (irgendjemand hatte Osteuropa geschrieben, tss
;) ) haben wir noch die Nebelkrähen und westlich der Elbe sind es dann Rabenkrähen. Wann (und ob) sie sich tatsächlich vollständig trennen, kann wohl niemand wirklich vorhersagen, da ja immer unvorhergesehene Ereignisse eintreten können und die Hybriden irgendwie doch wieder einen Selektionsvorteil bekommen und sich weiter ausbreiten könnten.